Tatanama Mikrobia

Tatanama Mikrobia

Sebelum tahun 1700, organisme yang dapat tampak dengan mata langsung diklasifikasikan sebagai tumbuhan atau binatang saja. Praktek ini dapat diterima oleh ahli Biologi sebagai dasar pemsahan dunia hidup menjai dua dunia, Animalia dan Plantae. Pada tahun 1750-an kedua dunia itu dibagi lagi menjadi pengelompokan yang dapat diidentifikasi dan berkerabat oleh Carolus Linnaeus, seorang naturalis dari Swedia. Ciri yang amat penting pada skema Linnaeus ini yang masih digunakan sampai sekarang adalah nomenklatur system biner.

Nomenklatur merupakan penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi. Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut nomenklatur system biner. Tujuan utama suatu nama adalah memberi cara  pengacuan suatu mikoorganisme dan bukan untuk memeriksanya. Setiap organisme ditandakan dengan nama genus dan istilah biasa atau deskriptif yang disebut epitet spesies, keduanya merupakan bahasa lati atau dilatinkan. Nama genus selalu ditulis dengan huruf besar, epitet spesies selalu ditulis dengan huruf kecil. Kedua komponen tersebut bersama-sama disebut nama ilmiah dan selalu dicetak miring.

Keuntungan utama dari nomenklatur adalah komunikasi, stabil dan menghindari kebingungan.

Kode Nomenklatur

            Agar memperoleh penamaan yang konsisten dan seragam bagi organisme, telah ditentukan peraturan tang diterima secara internasional untuk penamaan organisme dan diikuti oleh para biologiwan di semua negara. Peraturan seperti itu untuk tumbuhan dan hewan ditetapkan pada awal tahun 1900 oleh para ahli Botani dan Zoologi. Kode internasional untuk Nomenklatur Zoologi pertama kali diterbitkan tahun  1901. Kode internasional Nomenklatur Botani pertama kali diterbitkan tahun 1906. Dalam tahun 1947 Gabungan Internasional Perhimpunan Mikrobiologi memakai kode internasional untuk bakteri dan virus. Kode tersebut kini dikenal dengan Kode Intenasioanl Nomenklatur Bakteri (International Code of Bacterial Nomenclature) yang disyahkan pada tanggal 1 januari 1980. Secara kontinyu, dimodifikasi salam suatu usaha untuk memperbaiki dan menjelaskan peraturan dan pengaturannya.

Prinsip Nomenklatur

            Kode-kode dalam Zoologi, Botani dan Bakteriologi didasarkan pada beberapa prinsip yang umum. Beberapa di antaranya yang paling penting adalah :

1.                  setiap macam organisme yang nyata disebut sebagai spesies

2.                  spesies ditandai dengan kombinasi biner latin, maksudnya untuk memberinya label yang seragam dan dipahami secara internasional.

3.                  nomenklatur organisme diatur oleh organisasi pengawas internasional yang sesuai. Dalam hal bakteri adalah The International Association of Microbiological Societies

4.                  hukum prioritas menjamin penggunaan nama sah tertua yang tersedia bagi suatu organisme. Hal ini berarti bahwa nama yang pertama-tama diberikan kepada mikroorganisme itulah nama yang benar, asalkan mengikuti prosedur yang semestinya.

5.                  penunjukan kategori diperlukan untuk klasifikasi organisme

6.                  kriteria ditetapkan untuk pembentukan dan publikasi nama-nama yang baru.

Nama Ilmiah dan Nama Umum

            Nama ilmiah bagi organisme dibentuk sesuai dengan peraturan nomenklatur sistem biner. Organisme yang kita kenal dan seringkali disebut sebut biasanya mempunyai nama umum. Organisme itu juga memiliki nama ilmiah dengan bahasa latin atau dilatinkan. Tujuan pengaturan nama ilmiah agar bersifat stabil, jelas dan bemakna.

Bacterial Genetic Nomenclature

Standar untuk tatanama genetik bakteri diusulkan pada tahun 1966 oleh Demeric et al. masing-masing gen bakteri ditandai oleh 3kode yang mengindikasi jalur atau proses dimana produk gen tersebut dilibatkan. kemudian diikuti dengan huruf besar untuk menandai gen nyata tersebut. pada beberapa kasus, kode gen tersebut diikuti  oleh alel number. semua kode dan angka-angka digaris bawahi. seperti leuA merupakan gen dari jalur biosintesis leucine dan leuA273 adalah alel dari gen ini.

Protein yang dikode oleh gen kemudian menjadi dasar dari kode, diantaranya :

• rpoA encodes the α-subunit of R</b>NA po</b>lymerase
• rpoB encodes the β-subunit of R</b>NA po</b>lymerase
• polA encodes DNA pol</b>ymerase I
• polC encodes DNA pol</b>ymerase III
• rpsL encodes r</b>ibosomal p</b>rotein, s</b>mall S12

Beberapa gen juga ditujukan pada fungsi utamanya, seperti :

·                           dna is involved in DNA replication

Langkah-langkah pemberian nama Novel sp. :

l  Hasil penelitian ditulis dalam bentuk draft publikasi

l  Kultur murni strain yang akan diberi nama didepositkan ke Cultur Collection : DSMZ (Jerman) dan NCIMB (UK) beserta draf publikasi untuk mendapatkan accession number strain.

l  Sequence 16S rDNA didepositkan ke Database International (EMBL/RDP/DDBJ) via internet (E-mail) untuk mendapatkan accession number gen tsb.

l  Draft publikasi dengan accession number dikirimkan ke jurnal-jurnal yang sudah terakreditasi secara internasional (Publikasi Efektif) :

o   Antonie van Leuwenhoek

o   Journal of Bacteriology

o   Systematics and Applied Microbiology

·         langsung dikirim ke IJSEM (International Journal of Systematics and Evolutionary Microbiology) à Publikasi valid

Syarat draft publikasi bagi spesies baru :

l  Mencantumkan bukti bahwa type strain sudah didepositkan pada 2 CC yang sudah diakui secara internasional di 2 negara yang berbeda.

l  Mencantumkan seluruh data yang berhubungan dengan penelitian terutama karakter yang menjadi pembeda.

l  Ditulis dengan standar penulisan yang paling tinggi.

l 

Draft publikasi ditulis dengan menggunakan aturan ukuran huruf dan gambar yang sudah ditetapkan.

    Gambar 1. contoh sampul depan dari jurnal-jurnal yang dapat dilakukan untuk melakukan publikasi.

Daftar Pustaka

Pelczar, M.J and E.C.S.Chan. 1997. Microbiology. Tata Mc Graw  Hill Publishing, Comp. New York

Priest, F and B.Austin. 1995. Modern Bacterial Taxonomy. 2^nd ed. Chapman and Hall, company. London

Anonim. 2006. Bacterial Genetic Nomenclature. http://en.wikipedia.org/wiki/Bacterial_Genetic_Nomenclature